Η Χίος τις παραμονές του αγώνα, αριθμούσε περί τους 100.000 Έλληνες, 6000 Μουσουλμάνους, ενώ διέθετε μικρές κοινότητες Καθολικών και Εβραίων. Οι τελευταίοι, μαζί με τους Μουσουλμάνους έμεναν, κυρίως, στη Χώρα, η οποία είχε πληθυσμό 30.000 κατοίκων. Τα 22 μαστιχοχώρια, ήταν βακούφια του Σουλτανικού Χαρεμιού, ενώ τα υπόλοιπα 46 χωριά, υπάγονταν στο Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Πέρα από την μαστίχα, τα εσπεριδοειδή, οι ναυτικές υπηρεσίες και διάφορες χειροτεχνίες, ήταν οι βασικοί πόροι εισοδημάτων της Χίου.
Τα προνόμια τα οποία απολάμβανε ο τόπος, παρείχαν κίνητρα ώστε οι Χιώτες να έχουν λόγους να μην επιζητούν ξεσηκωμό. Όταν το 1821 ο Τομπάζης μετέφερε στο νησί επαναστατική προκήρυξη, ευγενικά απoπέμφθηκε, ίσως και προσχηματικά. Πάραυτα το γεγονός δεν πέρασε απαρατήρητο, με αποτέλεσμα την αποστολή στη Χίο μουσουλμάνων Ασιατικών περιοχών και της Κρήτης. Αυτοί προξένησαν πολλές αδικίες, ληστείες και φόνους. Συνελήφθη ο επίσκοπος και τρεις προεστοί ως εγγύηση για την μη εξέγερση του λαού. Οι όμηροι στην συνέχεια έφτασαν τους ογδόντα, με κάποιους εξ αυτών να πεθαίνουν από τις συνθήκες κράτησης, ενώ ένας εκτελέστηκε απλώς γι΄ αστείο. Οι Χιώτες τηρούσαν μια ψύχραιμη στάση, αν και αυτό δημιουργούσε αντιδράσεις στους λοιπούς Έλληνες.
Κατά τον Ιανουάριο του 1822 ανέλαβε ο Βαχίτ Πασάς, ενώ από την άλλη, ο Χιώτης λοχαγός Μπουρνιάς και ο Σάμιος Λυκούργος Λογοθέτης, επιχείρησαν μια εισβολή στη Χίο. Έτσι στις 22 Μαρτίου του 1822, αποβιβάσθηκε στη νότια πλευρά της νήσου, δύναμη 2500 έως 5000 ανδρών, από ένα στολίσκο, αποτελούμενο από 8 μπρίκια και 30 σακολέβες. Το σώμα εισήλθε στη Χώρα, ενώ η υποδοχή του έγινε με ανάμικτα αισθήματα. Οι άνδρες του Λογοθέτη έκαψαν 2 τζαμιά και κάποια σπίτια Μουσουλμάνων και λίγα Καθολικών.
Μετά τις 24 Μαρτίου και με την συνδρομή της προσωρινής κυβέρνησης, οργανώθηκε η πολιορκία του Κάστρου, στο οποίο είχαν καταφύγει, κυρίως, οι Τούρκοι. Όμως στις 11 Απριλίου εμφανίσθηκε στα ανοιχτά ο Οθωμανικός Στόλος υπό τον Καρά Αλή. Συγκροτούνταν από 6 μεγάλα πλοία μάχης, 10 φρεγάτες ή μεγάλες κορβέτες και 12 μικρότερα πλοία. Παράλληλα στις απέναντι μικρασιατικές ακτές, περί τους 30.000 άνδρες ανέμεναν εντολή για απόβαση τους στη Χίο. Η εμφάνιση του Στόλου, οδήγησε σε άμεση αποχώρηση του Ελληνικού Στόλου, ο οποίος εκείνη την στιγμή διέθετε 14 μπρίκια και 6 σκούνες, κυρίως εκ των Ψαρών.
Ένας πρώτος κανονιοβολισμός και ένα ατύχημα μιας τούρκικης φελούκας, η οποία προσέκρουσε σε ξέρα και το πλήρωμά της αποδεκατίστηκε, οδήγησε στην επίθεση των Τούρκων. Η τουρκική φρουρά πραγματοποίησε έξοδο από το οχυρό, ενώ άρχισε η αποβίβαση στη Χίο, των σωμάτων που ανέμεναν στον Τσεσμέ. Αν και η Χώρα έπεσε γρήγορα, ακολούθησε η α΄ φάση της Σφαγής της Χίου, από την οποία δεν εξαιρέθηκαν οι ασθενείς του νοσοκομείου, του φρενοκομείου και του ασύλου κωφαλάλων. Η αποτίμηση της α΄ αυτής φάσης, ήταν 9000 νεκροί, ενώ η Χώρα καίγονταν επί δύο ημέρες. Η όλη λεηλασία κόπασε, κάπως, έως τις 16 Απριλίου του 1822. Λήφθηκε, βέβαια, ειδική μέριμνα για τους μη Έλληνες. Έτσι τα υπάρχοντα προξενεία λειτούργησαν ως άσυλο. Ωστόσο οι προξενικές αρχές κατηγορήθηκαν για χρηματισμό ή για απαίτηση εκπόρνευσης γυναικών.
Πολλοί αποβιβάσθηκαν από τον Τσεσμέ στη Χίο με σκοπό το πλιάτσικο (αφού, βέβαια, έμαθαν πως ο χαλασμός άρχισε). Όμως μη βρίσκοντας χρήματα και τιμαλφή, αφού είχε προηγηθεί η σκύλευση της α΄ φάσης, προέβαιναν σε εκτέλεση αμάχων ανδρών, ώστε να πουλήσουν τις γυναίκες και τα παιδιά στα σκλαβοπάζαρα. Αυτή η πρακτική, χαρακτηρίζει την β΄ φάση της σφαγής. Μαρτυρούνται αξιόμαχες αντιστάσεις σε Βροντάδο και Θυμιανά, διαφυγές δια θαλάσσης και σφαγές σε τμήματα του πληθυσμού τα οποία δεν προέβαλαν αντίσταση.
Μετά από διπλωματική δραστηριοποίηση Αυστρίας, Αγγλίας και Γαλλίας, στις 17 Απριλίου οι πρόξενοι Αυστρίας και Γαλλίας απεστάλησαν σε χριστιανικούς τομείς προς ανακωχή, με φιρμάνι υπογεγραμμένο και από τον μητροπολίτη Πλάτωνα. Ο ρεαλιστικός, πλέον, στόχος, ήταν η σωτηρία των μαστιχοχώριων, ως υπαγόμενα στην Βαλιδέ – Σουλτανικό Χαρέμι. Η προξενική αποστολή επέστρεψε στις 22 Απριλίου με αντιπροσώπους από κάθε μαστιχοχώρι και με άμαξες παραδεδομένων όπλων. Πέραν των μαστιχοχωρίων, η προσωρινή αμνηστία περιέλαβε και άλλες περιοχές. Όμως πάραυτα τέσσερις εξ αυτών λεηλατήθηκαν κατά παράβαση της συμφωνίας. Εν τω μεταξύ, ο Λογοθέτης διέφυγε στα Ψαρά όπου και δικάστηκε αλλά απηλλάγη. Συνολικά έως τα τέλη Μαΐου είχαμε 25000 νεκρούς, 45.000 ομήρους ή σκλάβους, ενώ πέραν της Χώρας, κάηκαν 46 χωριά και πολλές Μονές. Οι σκλάβοι προωθήθηκαν, κυρίως, στα σκλαβοπάζαρα της Σμύρνης, Πόλης, Αιγύπτου και Μπαρμπαριάς. Ο Καπουδάν Πασάς κάποια στιγμή σταμάτησε, προσωρινά, το σκλαβοπάζαρο. Όμως αυτό είχε ως αποτέλεσμα την αύξηση των δολοφονιών και έτσι προτιμήθηκε η εξαγωγή δούλων, παρά η σφαγή τους.
Υπολογίζονται σε περίπου 15.000, οι Έλληνες οι οποίοι διέφυγαν και σώθηκαν, αρχικά οι περισσότεροι στα Ψαρά. Όμως, όπως, στηλιτεύει ο Thomas Gordon, υπήρξαν Έλληνες ναυτικοί, οι οποίοι, δυστυχώς, ανέβαζαν στα πλοιάρια διαφυγής μόνο όσους είχαν χρήματα να πληρώσουν την μεταφορά.
Μαρτυρούνται κατ΄ εντολή εκτελέσεις έως και εκατοντάδων εφήβων, κυρίως αιχμαλώτων, στη Χώρα και στην παραλιακή ακτή. Εκτελέσθηκαν, επίσης, οι 4 αιχμάλωτοι οι οποίοι είχαν οδηγηθεί στην Κωνσταντινούπολη. Την ίδια τύχη είχαν και 76 αιχμάλωτοι (μεταξύ των οποίων ως φαίνεται και ο τοπικός μητροπολίτης στις 23 Απριλίου, πολλοί κληρικοί και πρόκριτοι), αλλά και 7 ή 8 Χιώτες έμποροι, οι οποίοι δραστηριοποιούνταν στην Κωνσταντινούπολη.
Μια πρώτη αντίδραση ξεκίνησε στις 5 Μαΐου, με πρωτεργάτες Υδραίους και Σπετσιώτες. Έτσι στις 10 Μαΐου συγκεντρώθηκαν 56 εξοπλισμένα πλοία, το ισχυρότερο των οποίων έφερε 20 πυροβόλα και 8 πυρπολικά, υπό τους Ανδρέα Μιαούλη και Νικολή Αποστόλη από τα Ψαρά και τον Σπετσιώτη Αναστάσιο Ανδρούτσο. Τα πλοία αυτά, αποβίβαζαν μικρά τμήματα σε απομονωμένα σημεία της Χίου και παρελάμβαναν επιζώντες. Από τις 22 έως τις 30 Μαΐου, λόγω Ραμαζανίου, παρότι η Χίος τελούσε υπό κλοιό, υπήρχε στασιμότητα. Στις 31 Μαΐου, περί τις 8 το βράδυ, ο Κανάρης με πλοία και πυρπολικά εισήλθε στο Κανάλι. Ογδόντα πυροβόλα έβαλαν εναντίον τους και ειδικά προς τα μπρίκια των Μιαούλη, Σαχτούρη, Σκούρτη και Τσαμαδού. Το πρώτο πυρπολικό απέτυχε να πλήξει τη ναυαρχίδα του Στόλου.
Στις 3 Ιουνίου αντικαταστάθηκε, ατιμωτικά, ο Βαχίτ Πασάς από τον Αμπντί Πασά. Την περίοδο αυτή, οι δολοφονίες, σε καθημερινή βάση, περιορίζονται στις 3–4. Τα μαστιχοχώρια, υπό την επιστασία του Ελέζ Αγά, δεν έχουν ακόμη, ουσιαστικά, πειραχθεί. Στην υπόλοιπη Χίο, αντίθετα, τα πτώματα των άταφων σφαγών, έφεραν τον τυφοειδή πυρετό, ο οποίος ελλείψει Ελλήνων, θέρισε, βασικά, τους Τούρκους. Στις 16 Ιουνίου, ο Σουλτανικός Στόλος, ενισχυμένος με μονάδες από την Κωνσταντινούπολη, αριθμούσε 38 πλοία και τελούσε εν αναμονή και άλλων πλοίων από Αλεξάνδρεια. Στις 18 Ιουνίου, παραμονή της λήξης του Ραμαζανιού, οι Κανάρης και Πιπίνος και άλλοι 32 συμπολεμιστές αφού μετέλαβαν, ανέβηκαν σε δύο μπρίκια που είχαν μετατραπεί σε πυρπολικά με γαλλική και αυστριακή σημαία. Ο Κανάρης προσάρτησε το πυρπολικό του στην ναυαρχίδα φωνάζοντας «Εν τούτω νίκα». Οι Υδραίοι από την άλλη προσάρτησαν το δικό τους πυρπολικό, στο πλοίο που μετέφερε τους θησαυρούς και τη σημαία του ριαλάμπεη. Δεν χάθηκε κανείς από τους μπουρλοτιέρηδες. Στις 2 το πρωί, 19 Ιουνίου, η ναυαρχίδα ανατινάχθηκε. Από τους περίπου 2300 οι οποίοι επέβαιναν, σώθηκαν κάπου 180. Μέσα στις απώλειες ήταν και πολλοί Έλληνες αιχμάλωτοι, όπως και υψηλόβαθμοι αξιωματικοί. Μαζί συμπαρασύρθηκαν και δύο πλοία που προσέγγισαν για να λάβουν επιζώντες. Ο Καπουδάν Πασάς, διέφυγε τραυματισμένος αλλά τραυματίσθηκε από ένα ίστιο. Εξέπνευσε στην Χίο μόλις αποβιβάσθηκε και πριν το μεσημέρι ετάφη. Η πυρπόληση της ναυαρχίδος, σήμανε και την έναρξη της γ΄ φάσης: 20.000 στρατιώτες εισέβαλαν στα προστατευόμενα έως τότε μαστιχοχώρια. Συνολικά μόλις περί τους 1800 Χιώτες επέζησαν και παρέμειναν στο νησί, ενώ σε κανένα χωριό δεν υπήρξαν πάνω από 12 επιζώντες. Ένα χρόνο μετά, η τουρκική διοίκηση παραχώρησε στην ιουδαϊκή κοινότητα το κοιμητήριο εκτός του Κάστρου στο Ριζάρι, αναγνωρίζοντας την συμβολή τους κατά τα γεγονότα της Σφαγής του 1822.
