Μερικά από τα κριτήρια με βάση τα οποία μπορεί να επιλεγεί μία επιχείρηση για φορολογικό έλεγχο είναι οι συνεχείς και μεγάλες διακυμάνσεις του τζίρου της ανά χρονιά, οι συνεχείς ζημίες, αλλά και η πώληση εμπορευμάτων σε τιμή κάτω του κόστους. Καταρχάς, δεν αναγνωρίζεται φορολογικά η ζημία που προκύπτει από πωλήσεις εμπορευμάτων σε τιμές κάτω του κόστους, είτε σε συνδεδεμένες σε αυτή εταιρείες είτε σε τρίτες εταιρείες (πελάτες της). Είναι δυνατόν να πωλούνται εμπορεύματα σε τιμές κάτω του κόστους, μόνο όμως, εφόσον συντρέχουν εξαιρετικοί λόγοι που το δικαιολογούν, όπως εταιρείες που βρίσκονται σε εκκαθάριση. Η εταιρεία, όμως, θα πρέπει να αποδείξει στις φορολογικές αρχές ότι η πώληση των συγκεκριμένων εμπορευμάτων σε τιμές κάτω του κόστους δικαιολογείται για επιχειρηματικούς λόγους. Το ίδιο καθεστώς ισχύει και για δαπάνες τις οποίες η εταιρεία επαναχρεώνει είτε σε συνδεμένες ή σε τρίτες επιχειρήσεις, πελάτες της.
Ιδιαίτερα, όμως, ελέγχονται τέτοιου είδους συναλλαγές μεταξύ συνδεδεμένων επιχειρήσεων σύμφωνα με το άρθρο 50 του ΚΦΕ (ν. 4172/2013) και το άρθρο 21 του ΚΦΔ (Ν.4174/2013) για ενδεχόμενη υποτιμολόγηση που αποσκοπεί στη μεταφορά κέρδους από μία επιχείρηση σε μία συνδεδεμένη, πρακτική που συνιστά τεχνητή διευθέτηση στα πλαίσια ενδοομιλικών συναλλαγών.
Μία ιδιαίτερη περίπτωση που εντάσσεται στην ίδια συλλογιστική είναι και τα τεκμαρτά μισθώματα. Υπό τον ισχύοντα ΚΦΕ (ν. 4172/2013) το ελάχιστο τεκμαρτό μίσθωμά έχει καταργηθεί, ωστόσο ισχύει το άρθρο 39 παρ. 2 εδ. β’, με βάση το οποίο ορίζεται ότι «το εισόδημα από ιδιοχρησιμοποίηση ή δωρεάν παραχώρηση τεκμαίρεται ότι συνίσταται στο τρία τοις εκατό (3%) της αντικειμενικής αξίας του ακινήτου». Ο κανόνας αυτός πράγματι ρητά ισχύει για την ιδιοχρησιμοποίηση και τη δωρεάν παραχώρηση, όμως, πιστεύουμε ότι αποτελεί και ένα κριτήριο για τον υπολογισμό των μισθωμάτων στα πλαίσια φορολογικού ελέγχου, όπου προκύπτει συμφωνηθέν μίσθωμα είναι πολύ χαμηλότερο ή πολύ υψηλότερο από το ποσοστό αυτό. Συνεπώς, το 3% θα αποτελέσει έναν δείκτη με βάση τον οποίο τα ελεγκτικά όργανα δύνανται να επαναπροσδιορίσουν τα μισθώματα και άρα τη διαφεύγουσα φορολογητέα ύλη, δεδομένου ότι με βάση αυτό προσδιορίζεται εισόδημα από δωρεάν παραχώρηση, πόσω μάλλον δε από ενοικίαση. Επισημαίνουμε ότι το ποσοστό αυτό δεν αφορά καταρχήν τις ενδοομιλικές συναλλαγές, όπου η τεκμηρίωση της αρχής των ίσων αποστάσεων στηρίζεται σε συγκριτικά στοιχεία.