Σαν σήμερα, 22 Δεκεμβρίου, εντοπίζουμε στον Συναξαριστή Κωνσταντινουπόλεως, την ανάμνηση των θυρανοιξίων του πιο περίλαμπρου ελληνικού ναού μετά την αρχαιοελληνική περίοδο. Αυτού της του Θεού Σοφίας Κωνσταντινουπόλεως. Αναμφίβολα στην ιστορία του ελληνικού έθνους, κανένα μνημείο δεν ταυτίσθηκε σε τέτοιο βαθμό ως σύμβολο του γένους, αλλά και καταγγελία κατά της βαρβαρότητας, όσο ο Παρθενών των Αθηνών και η Αγιά Σοφιά της βασιλεύουσας Πόλης. Πέρσες, Γότθοι, Οθωμανοί και Μοροζίνι για τον πρώτο, Σταυροφόροι και Οθωμανοί για την δεύτερη. Ο πρώτος κατέστη μάρτυρας της Κλασσικής Εποχής και της Αθηναϊκής Δημοκρατίας και η δεύτερη ως η Μεγάλη του Χριστού Εκκλησία, αλλά και μέγα βασιλικό σύμβολο. Είναι ένα θαύμα της αρχιτεκτονικής και αντικείμενο μελέτης έως σήμερα, αποτελώντας ένα επιστέγασμα των επιτευγμάτων της αρχαίας ελληνικής αρχιτεκτονικής και ειδικά της μακεδονικής, όπως αυτά μεταλαμπαδεύτηκαν στον ελληνιστικό κόσμο, αλλά και μετά την ρωμαϊκή κατοχή και λεηλασία.
Διακρίνονται τρεις κύριες οικοδομικές φάσεις. Με την πρώτη φάση σχετίζεται ο Μέγας Κωνσταντίνος. Πριν γίνει προσήλυτος στο Χριστιανισμό, ακολουθούσε την ηλιολατρία και τιμούσε ιδιαίτερα τον Απόλλωνα και τον Άρη. Ενώ είχε στα σχέδια του την οικοδόμηση νέας πρωτεύουσας στο Ίλλιον – Τροία, διέκρινε από την εμπειρία του εκ των μαχών με τον Λικίνιο, την γεωστρατηγική σημασία της αποικίας των Μεγάρων Βυζαντίου. Έτσι την επέλεξε ως Νέα Ρώμη και πρωτεύουσα. Αυτός φαίνεται πως ξεκίνησε να χτίζει μια πρώτη φάση του ναού, ως καθεδρικού της σε απολλώνιο μέρος. Γνωρίζουμε, πάντως, πως η Πόλη, διέθετε σε άλλο σημείο της Ιερά του Απόλλωνος και της αδερφής του Αρτέμιδος καθώς και της Αφροδίτης. Ο ίδιος καθίδρυσε Ιερά της Ρέας και της Τύχης στη νέα αυτή πρωτεύουσα. Σύμφωνα με τον ιστορικό Σωζόμενο, η κοίμησή του κατά το 337 μ.Χ. δεν επέτρεψε την ολοκλήρωση του καθεδρικού. Είναι αλήθεια, πάντως, πως η αφιέρωση στο «απρόσωπο» όνομα της του Θεού Σοφίας, απαντά στην πρακτική να δίνονται τέτοια ονόματα σε μητροπολιτικούς ναούς της εποχής του Κωνσταντίνου. Έτσι είχαμε ανάλογες αφιερώσεις προς την του Θεού Ομονοία και την Ειρήνη, πέραν της Σοφίας.
Πάλι ο Σωζόμενος μαρτυρεί, πως, τελικά, το έργο της α΄ φάσης, έφερε σε πέρας στις 15 Φεβρουαρίου του 360, ο φιλο–αρειανός υιός και διάδοχός του, Κωνσταντίνος ο Β΄ (337–361 ). Ο Ναός αυτός ήταν ξυλόστεγος και βασιλικού ρυθμού. Ο Γεώργιος Κεδρηνός διασώζει, πως διέθετε μια μορφή κτιστού τρούλου σε μια εποχή κατά την οποία, ο τρούλος ήταν αρκετά σπάνιος. Παραδίδεται πως ο τρούλος αυτός κατέπεσε την ημέρα κατά την οποία ανακηρύχθηκε αυτοκράτωρ στη Γαλατία ο διάδοχος Ιουλιανός (361–363). Στον Ιουλιανό δεν πρέπει να λησμονούμε, πως πιστώνεται ανάλογη αποτυχία οικοδόμησης ναού, όταν επιχείρησε να χτίσει το μαρτυριακό μνημείο του Αγίου Μάμαντος στην Καππαδοκία. Είχε γνωρίσει τον χριστιανισμό μέσα από δασκάλους της αρειανικής αίρεσης, ενώ αργότερα ασπάσθηκε και διέδωσε με διώξεις μια εθνική θρησκεία, στην οποία είχε αναμίξει σε ένα πάνθεο, στοιχεία ελληνικών, ρωμαϊκών και περσικών παραδόσεων.
Σε αυτήν την α΄ φάση της Αγίας Σοφίας, συγκλήθηκε η Μείζων Τοπική Σύνοδος του 381, η οποία το 451 συγκαταριθμήθηκε ως η Β΄ Οικουμενική Σύνοδος. Σε αυτήν μεταξύ άλλων καταδικάσθηκε η πνευματομαχία, ενώ το πρώτο Σύμβολο της Πίστεως πλαισιώθηκε με ένα δεύτερο, το γνωστό, σήμερα, Σύμβολο της Πίστεως. Ο ναός αυτός καταστράφηκε από φωτιά στις 20 Ιουνίου του 404, κατά την διάρκεια των ταραχών που προκάλεσε η οριστική εξορία του Ιωάννου Χρυσοστόμου Αρχιεπισκόπου Κωνσταντινουπόλεως.
Ανοικοδόμηση δεν έγινε άμεσα, αλλά λίγα χρόνια μετά, υπό του αυτοκράτορα Θεοδοσίου του Β΄ (408–450). Εγκαινιάστηκε το 415 και πιθανότατα ανήκε στον τύπο της Πεντάκλιτης Βασιλικής. Τμήματα του πρόπυλου αυτής της β΄ φάσης καθώς και κάποια διάσπαρτα αρχιτεκτονικά μέλη, συναντά ο σημερινός επισκέπτης προ της εισόδου στον περιβάλλοντα χώρο της Αγίας Σοφίας. Η καταστροφή, εδώ, επήλθε στις 15 Ιανουαρίου του 532 κατά την Στάση του Νίκα.
Η εικόνα του σημερινού Ναού, βασίζεται στην γ΄ φάση του ναού, αλλά και την άμεση μετατροπή του σε ισλαμικό τέμενος το 1453. Η τρίτη αυτή ανοικοδόμηση ξεκίνησε άμεσα, πιθανότατα ως ανταγωνισμός προς την αντίζηλο του Ιουστινιανού Ιουλιανή Ανυσία. Η τελευταία είχε χτίσει έναν μεγαλοπρεπή Ναό μεταξύ των ετών 524 & 527, αφιερωμένο στον Άγιο Πολύευκτο, ο οποίος παρότι ιδιωτική χορηγία, δέσποζε στη βασιλεύουσα ελλείψει μεγαλοπρεπούς καθεδρικού τα χρόνια εκείνα. Έτσι οικοδομήθηκε ο τρίτος ναός επί Ιουστινιανού μεταξύ των ετών 532 και της 27ης Δεκεμβρίου του 537. Είναι εξίσου πιθανό το περίφημο «νενίκηκάς σε Σολομώντα», να αναφέρεται όχι προς το Ναό των Ιεροσολύμων, αλλά αυτόν της Ανυσίας, ο οποίος κοσμούνταν από επιγραφές σχετικών παλαιοδιαθηκικών χωρίων.
Το έργο της ανοικοδόμησης ανατέθηκε στον μηχανικό Ανθέμιο από τις Τράλλεις και τον αρχιτέκτονα Ισίδωρο από τη Μίλητο. Αμφότεροι παρέδωσαν ένα μνημείο αναφοράς, διαστάσεων 72 Χ 77 μ., στον τύπο της τρουλαίας Βασιλικής, με εσωνάρθηκα και εξωνάρθηκα και τριμερές ιερό. Το τελικό αποτέλεσμα δεν δείχνει να είχε προηγούμενο, ενώ πολύ αργότερα προσπάθησαν να το μιμηθούν Ρωμαιοκαθολικοί και Οθωμανοί αρχιτέκτονες. Ο δεσπόζων τεράστιος τρούλος, διαμέτρου 31,87 μ. (έχοντας ως αρχαίο παράλληλο, ίσως, τρούλους όπως αυτού της Αρχαίας Πέλλης των 30 μ.) και ειδικά ο τρόπος στήριξής του σε ύψος 55,6 μ. από το δάπεδο, αποτέλεσε άθλο για την, τότε, παγκόσμια αρχιτεκτονική, αλλά και για πολλούς αιώνες αργότερα. Στηρίχθηκε πάνω σε 4 πεσσούς, περίπου 100 τ.μ. έκαστος, οι οποίοι με την σειρά τους εδράζονται σε 4 μεγάλα τόξα.
Κυριαρχεί ο τρόπος με τον οποίο οι αρχιτέκτονες μετρίασαν την εντύπωση, την οποία κανονικά θα προξενούσαν τα ογκώδη μέλη τα οποία στηρίζουν εσωτερικά το Ναό και τον τρούλο. Έτσι δίνεται η εντύπωση πως ο τελευταίος αιωρείται στο κενό. Σημείο το οποίο οι μεγάλοι αρχιτέκτονες των ισλαμικών μνημείων της Πόλης προσπάθησαν να μιμηθούν, χωρίς, όμως, το ίδιο αποτέλεσμα.
Όπως και να έχει και αυτός ο ναός υπέστη επεμβάσεις, οι οποίες αλλοίωσαν αυτήν την μορφή. Δοκιμάσθηκε από σεισμό, σχεδόν αμέσως, το 557, όταν και κατέρρευσε ο τρούλος του. Έτσι επισκευάσθηκε και αναμορφώθηκε, αυτή τη φορά από τον Ισίδωρο τον Νέο, ανεψιό του πρωτομάστορα και παραδόθηκε εκ νέου στα 562-563. Ο τρούλος αυτός, αντιπροσωπευτικός του όλου έργου, δέχθηκε πολλές ανακατασκευές και επιδιορθώσεις, τόσο στη μεσοβυζαντινή, όσο και κατά την υστεροβυζαντινή περίοδο, με χαρακτηριστική αυτή, μετά τον σεισμό του 1346, όταν και κατέρρευσαν, πάλι τμήματα, του τρούλου.
Φυσικά κατά πάγια πρακτική της παλαιοχριστιανικής περιόδου, υπήρχε αίθριο, τρίπλευρο, το οποίο αναπτύσσονταν δυτικά, σε μήκος 42 μέτρων. Σήμερα δεν σώζεται, ενώ οι τελευταίοι του κίονες λιθολογήθηκαν περί το 1870. Γενικά για την κατασκευή χρησιμοποιήθηκαν λίθοι, μάρμαρα και γρανίτες από τα πιο περίφημα μέρη, όπως την Προκόννησο, την Αθήνα, την Πάρο, τη Θεσσαλία, ενώ χρησιμοποιήθηκε και υλικό σε δευτέρα χρήση από τους Δελφούς, την Ρώμη, την Έφεσο και την Αίγυπτο. Απόηχος των παραπάνω, υπήρξε και το διάσημο τραγούδι «Σαν τα μάρμαρα της Πόλης που ΄ ναι στην Αγιά Σοφιά». Ο Ναός, στο απόγειο της ακμής του, υπηρετήθηκε από 600 άτομα (80 ιερείς, 150 διακόνους, 40 διακόνισσες, 70 υποδιακόνους 160 αναγνώστες, 25 ψάλτες και 75 θυρωρούς !).