Παράλληλα με τον ελληνικό στρατό ο οποίος απελευθέρωνε την μία μετά την άλλη τις πόλεις και την πρωτεύουσα της Μακεδονίας, το Πολεμικό Ναυτικό, «μεθ’ ὁρμῆς ἀκαθέκτου», υπό τον Ναύαρχο Παύλο Κουντουριώτη, απελευθέρωνε μετά από σχεδόν εξακόσια χρόνια το Αιγαίο και καθιστούσε αδιαμφισβήτητη την ελληνική εθνική κυριαρχία. Μάλιστα μετά την 8η Οκτωβρίου 1912 και την απελευθέρωση της Λήμνου, το στρατηγικής σημασίας λιμάνι του νησιού στο Μούδρο έγινε το ορμητήριο του ελληνικού στόλου, ο οποίος σε σχηματισμό τριών μοιρών, κατευθύνθηκε για την απελευθέρωση των νησιών του Αιγαίου :
1η Μοίρα «ΑΒΕΡΩΦ», «ΨΑΡΑ», «ΝΑΥΚΡΑΤΟΥΣΑ» και «ΛΕΩΝ» για την απελευθέρωση της Ίμβρου και της Σαμοθράκης,
2η Μοίρα «ΣΠΕΤΣΑΙ» «ΥΔΡΑ» «ΘΥΕΛΛΑ» και «ΛΟΓΧΗ» για την απελευθέρωση της Θάσου και
3η Μοίρα «ΚΑΝΑΡΗΣ» με το «Τ/Π 14» για την απελευθέρωση του Άγιου Ευστράτιου.
Ο Ελληνικός στόλος νικά τον Οθωμανικό και απελευθερώνει το Αιγαίο: 17/10/1912 Ίμβρος, Θάσος και Άγιος Ευστράτιος. 19/10/1912 Σαμοθράκη, 21/10/1912: Ψαρά. 24/10/1912: Τένεδος, 2/11/1912: χερσόνησος Αγίου Όρους, 11/11/1912: Λέσβος, 3/11/1912: Χίος, 14/11/1912: Οινούσσες, 27/11/1912: Ικαρία, 02/3/1913: Σάμος.
Στη Σαμοθράκη με το που αντίκρισαν οι Έλληνες το στόλο, ο ενθουσιασμός ήταν απερίγραπτος, αφού η λευτεριά ερχόταν μετά από 550 χρόνια, έχοντας πληρώσει βαρύ φόρο αίματος στo Ολοκαύτωμα της 1ης Σεπτεμβρίου του 1821, ενθουσιασμός που έφθασε στο αποκορύφωμα, όταν μετά από λίγο κυμάτιζε στο νησί η Ελληνική σημαία.
Πρώτο μέλημα των ναυτών, ήταν η σύλληψη των οθωμανικών αρχών, δηλαδή των λίγων χωροφυλάκων, οι οποίοι πριν παραδοθούν, παρακάλεσαν τον Αρχιερατικό Επίτροπο Α. Παπανδρέου να μεσολαβήσει για τη ζωή τους, κάτι που έγινε, αφού ο ιερέας τους παρέδωσε στον επικεφαλή του αγήματος σημαιοφόρο του Πολεμικού Ναυτικού Κωνσταντίνο Παναγιώτου. Στην σχετική με την απελευθέρωση της Σαμοθράκης έκθεσή του ο Παναγιώτου αναφέρει μεταξύ των άλλων και τα εξής:
«Εις εκτέλεσιν της υπ’ αριθμ. 34 και από 17 τρέχοντος εγγράφου διαταγής υμών, λαμβάνω την τιμήν να σας αναφέρω ότι άμα τη αποβιβάσει μου εν τη Νήσω Σαμοθράκη προέβην αμέσως εις την κατάσχεσιν του εν τη παραλία Λιμεναρχείου, υψώσας επ’ αυτού με τας κεκανονισμένας τιμάς την ελληνικήν Σημαίαν. Αφού δε εγκατέστησα φρουράν εξ ενός διόπου και 8 ναυτών, προέβην εις την κατάσχεσιν παρακείμενης αποθήκης εν η υπήρχε ποσότης κριθής, σίτου και άλλων καρπών….. Είτα δε παραλαβών το υπόλοιπον του αγήματος, μετέβην και κατέλαβον την κυρίως πόλιν της Σαμοθράκης, κατοικουμένην εκ τεσσάρων χιλιάδων περίπου κατοίκων, απάντων Ελλήνων, πλην δύο οικογενειών οθωμανών. ….. Μετέβην είτα εις την εκκλησίαν όπου ετελέσθη δοξολογία παρά των κατοίκων…. Εν Σαμοθράκη τη 19η-10-1912 Κων/νος Παναγιώτου-Σημαιοφόρος»
Η έκδοση της 20ης Οκτωβρίου 1912 της εφημερίδος «Εμπρός», γράφει μεταξύ των άλλων τα εξής:
«Η ΚΑΤΑΛΗΨΗ ΤΩΝ ΝΗΣΩΝ ΘΑΣΣΟΥ ΙΜΒΡΟΥ – ΣΤΡΑΤΗΣ ΣΑΜΟΘΡΑΚΗΣ ΕΠΙΣΗΜΟΝ ΑΝΑΚΟΙΝΩΘΕΝ Παρά του υποναυάρχου αρχηγού ελήφθησαν αι ακόλουθοι λεπτομέρειαι της καταλήψεως των νήσων Θάσου, Στράτη Αγίου Ευστρατίου), Ίμβρου και Σαμοθράκης….
Σήμερον την πρωΐαν άπας ο στόλος κατέπλευσεν εις Σαμοθράκην και αποβιβάσας άγημα υπό του σημαιοφόρου Παναγιώτου κατέλαβον ταύτην. Ο στόλος περιπολεί διαρκώς περί τα Δαρδανέλλια αναμένων ματαίως την έξοδον του εχθρού.Ο αρχηγός του στόλου υποναύαρχος Π. ΚΟΥΝΤΟΥΡΙΩΤΗΣ»
Στην έκδοση της 20ης Οκτωβρίου 1912 της εφημερίδος «Σκρίπ», δημοσιεύεται η σχετική είδηση: «Ο ΣΤΟΛΟΣ ΜΑΣ ΚΑΤΕΛΑΒΕ ΚΑΙ ΑΛΛΑΣ ΝΗΣΟΥΣ ΤΟ ΕΠΙΣΗΜΟΝ ΤΛ/ΜΑ Παρά του υποναυάρχου αρχηγού ελήφθησαν αι ακόλουθοι λεπτομέρειαι της καταλήψεως των νήσων Θάσου, Ίμβρου, Αγίου Ευστρατίου ή Αλονήσου, και Σαμοθράκης….. »
Με την Συνθήκη της Λωζάννης (1923- Άρθρο 12), κατοχυρώνεται η νέα κατάσταση στο βορειοανατολικό Αιγαίο:« Η ληφθείσα απόφασις τη 13η Φεβρουαρίου 1914 υπό της Συνδιασκέψεως του Λονδίνου εις εκτέλεσιν των άρθρων 5 της Συνθήκης του Λονδίνου της 17/30 Μαίου 1913, και 15 της Συνθήκης των Αθηνών της 1/14 Νοεμβρίου 1913, η κοινοποιηθείσα εις την Ελληνικήν Κυβέρνησιν τη 13 Φεβρουαρίου 1914 και αφορώσα εις την κυριαρχίαν της Ελλάδος επί των νήσων της Ανατολικής Μεσογείου, εκτός της Ίμβρου, Τενέδου και των Λαγουσών Νήσων (Μαυρυών), ιδία των νήσων Λήμνου, Σαμοθράκης, Μυτιλήνης, Χίου, Σάμου και Ικαρίας, επικυρούται, υπό την επιφύλαξη των διατάξεων της παρούσης Συνθήκης των συναφών προς τας υπό την κυριαρχίαν της Ιταλίας διατελούσας νήσους, περί ων διαλαμβάνει το άρθρον 15».
H Σαμοθράκη, μετά την απελευθέρωσή της αποτέλεσε Yποδιοίκηση του Nομού Λέσβου, εκτός από το χρονικό διάστημα από την 28η Οκτωβρίου 1916 μέχρι την 18η Απριλίου 1917, όταν ανήκε στην Υποδιοίκηση Λήμνου. Κατά τη διάρκεια της κατοχής ενσωματώθηκε στη σύμμαχο της Ναζιστικής Γερμανίας Βουλγαρία και ο Ελληνισμός του νησιού πέρασε μία αφάνταστα σκληρή και δύσκολη περίοδο στερήσεων και δοκιμασιών.
Μετά το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο η Σαμοθράκη αποτέλεσε τμήμα του Νομού (σήμερα Περιφερειακή Ενότητα) Έβρου και το μοναδικό ελληνικό νησί των Θρακικών Σποράδων (μαζί με την Ίμβρο και Τένεδο), το οποίο παρέμεινε υπό ελληνική κυριαρχία. Στα όρια της βρίσκεται η βραχονησίδα Ζουράφα( Λαδόξερα) η οποία αποτελεί το ανατολικό άκρο της ελληνικής θαλάσσιας επικράτειας και της μελλοντικής Αποκλειστικής Οικονομικής Ζώνης.
Η υπόμνηση της απελευθέρωσης της Σαμοθράκης και των υπόλοιπων νησιών του Αιγαίου, είναι η σημερινή πράξη διατήρησης της εθνικής κυριαρχίας. «Έχουμε γη και πατρίδα, όταν έχουμε πλοία και θάλασσα» έγραψε ο «πατέρας» της Ιστορίας, Ηρόδοτος, ενώ ο Θεμιστοκλής σε λόγο του προς τους Αθηναίους είναι σαφής όταν αναφέρει πως η «πατρίδα σας είναι αι διακόσιαι νήαι πεπληρωμέναι». Για τον Ελληνισμό η ελληνική εθνική κυριαρχία στο Αιγαίο, η ναυτική ισχύς στα θαλάσσια σύνορα μας, αποτελεί την ικανή και αναγκαία συνθήκη για την επιβίωση, μακροημέρευση και πρόοδό του. Εκεί, στη Γη και στο Ύδωρ του Αιγαίου, στην υπεράσπισή του, θα κριθεί το μέλλον του έθνους μας.
