Ανατρέχοντας στην αρχαιότητα, ο όρος «αυτόνομος», υποδήλωνε, συνήθως, μια πόλη, συχνά περιφερειακή ή απομονωμένη (βλ. Παλατινή Ανθολογία, VII, «Επιγράμματα επιτύμβια», 8, Αντιπάτρου Σιδωνίου). Πάρα την ύπαρξη δύναμης επικυρίαρχης στην περιοχή αυτής, πολιτεύονταν, κατόπιν παραχώρησης, με δικούς της νόμους (Ηρόδοτος, Ιστορίαι, Α΄, Κλειώ, 96, 1). Σε αρχιερατικό επίπεδο, μια ανάλογη αρχή θα πρέπει να ανιχνευθεί, στην σχέση υποτέλειας των Ιουδαίων προς τους Ρωμαίους. Οι Ρωμαίοι είχαν παραχωρήσει καθεστώς εθναρχίας, στον υπ΄αυτών εξαρτώμενο Ιουδαίο αρχιερέα. Το καθεστώς ενείχε, ασφαλώς, περιορισμούς (Κατά Ιωάννη 18:31), αλλά και δικαιώματα διαχείρισης εσωτερικών διαφορών, ακόμα και στη διασπορά / tefutzah (Φλάβιος Ἰώσηπος, Ιουδαϊκή Αρχαιολογία, ΙΔ΄, 2. 194-195. Γι΄αυτό η Σύνοδος του 1872, χαρακτήρισε τον εθνοφυλετισμό «ιουδαΐζοντα» (Mansi, 45, 483D).
Αντίθετα ο όρος «αυτοκέφαλος», δεν υπάρχει στην αρχαία γραμματεία, όπου απαντά το «αυτοκέλευστος», δηλ. αυτός ο οποίος δεν αναμένει εντολή για να δράσει (Ξενοφών, Κύρου Ανάβασις, Γ΄, 4. 5. Βλ. και Παλατινή Ανθολογία, V, «Ερωτικά», 22, Ρουφίνου). Η παλαιότερη περί αυτοκεφάλου μαρτυρία, εντοπίζεται στο έργο του Θεόδωρου Αναγνώστη (†527-550;), Εκλογαὶ εκ της Εκκλησιαστικής Ιστορίας (PG 86, 184C).
Ως ένα βαθμό απηχούσε την πρακτική της νομισματοκοπίας, με την βασιλική κεφαλή στον εμπροσθότυπο ως σύμβολο αυτοδιοίκησης. Όμως ο πυρήνας του όρου εξέφρασε, τον επίσκοπο ως τύπο Χριστού και κεφαλή της Ευχαριστίας. Η αυτοκεφαλία ταυτίσθηκε με το πρόσωπο του μητροπολίτη (Βλ. σχετικά Κανών ΣΤ´ της εν Νικαία Οικουμενικῆς Α´ Συνόδου του 325, Mansi 2, 669E-672A.), συνυφασμένου, αρχικά, με την αφ΄ εαυτού δυνατότητα εκλογής μητροπολίτη και κριτηρίου, ιδίως μεταξύ του 4ου και 5ου μ.Χ. αιώνα (Κανὼν Ε´ τῆς ἐν Νικαίᾳ Α´ Οἰκουμενικῆς Συνόδου τοῦ 325. Βλ. και Κανών ΙΕ´ της εν Αντιοχείᾳ Τοπικής Συνόδου του 341. Πρβλ. και Β. Φειδάς, Το Αυτοκέφαλον και τὸ Αυτόνομον εν τη Ορθοδόξῳ Ἐκκλησία ( Ιεροσόλυμα: χ.ε., 1979), 12.).
Η καθιέρωση της πενταρχίας των πατριαρχείων (Βλ. Ιουστιανιάνειος Κώδιξ, Νεαρά ΡΘ΄), υποβίβασε το μητροπολιτικό αυτοκέφαλο, έτσι που η τοπική σύνοδος περιορίζονταν στο να εκλέγει τους επισκόπους και να δικάζει σε πρώτο βαθμό. Για την εκλογή του μητροπολίτη και τον εφέσιμο βαθμό, απαιτούνταν η πατριαρχική διαδικασία (Παντελεήμων Ροδόπουλος, «Το Αυτοκέφαλον εις τήν Ορθόδοξον Εκκλησίαν και ο τρόπος ανακηρύξεώς του. Η Ορθόδοξος Εκκλησία εις τὸ Μαυροβούνιον», στο Μελέται Β΄. Νομοκανονικά – Ἱστορικοκανονικά και άλλα (Θεσσαλονίκη: ΠΙΠΜ, 2008), 300). Να τονισθεί, πως ορισμένες επισκοπές καλούνταν μεν «αυτοκέφαλες», ως ανεξάρτητες του μητροπολίτη της επαρχίας, όμως υπάγονταν στον Πατριάρχη, ως σταυροπήγια.
Ορόσημο για την ύπαρξη αυτοκέφαλων Εκκλησιών πάρα την πενταρχία, αποτέλεσε η ανακήρυξη της Εκκλησίας της Κύπρου (με αφορμή αυτήν ο Θεόδωρος χρησιμοποίησε τον όρο) κατά την Γ΄ Οικουμενική (Κανών Η´ (αποσπ.) της εν ᾿Εφέσῳ Γ´ Οικουμενικής Συνόδου του 431, PG 137, 364C-365B.). Η Κύπρος κατέστη δεδικασμένο, αφού όταν ανήλθε το 431, δεν είχε επικυρωθεί η Σύνοδος του 381 ως Β΄ οικουμενική από την Δ΄ Οικουμενική του 451 και μαζί οι συναφείς κανόνες (Κανών ΚΗ´ (αποσπ.) της εν Χαλκηδώνι Δ΄ Οικουμενικής Συνόδου του 451, PG 137, 484B-C.). Έτσι πρόλαβε και την συμμεταβολή (η Κύπρος πολιτικά υπάγονταν στην Αντιόχεια), την αρχή δηλαδή, η οποία εναρμόνιζε την θέση μιας επισκοπής, σε σχέση με το πολιτικό καθεστώς (Βλ. Κανών ΙΖ´ (αποσπ.) της εν Χαλκηδώνι Δ´ Οικουμενικῆς Συνόδου του 451, PG 137, 448C-449Α. Πρβλ. και Κανών ΛΗ΄ της εν Τρούλλῳ Πενθέκτης Οικουμενικής Συνόδου τού 691-2, PG 137, 644C).
Το πρόβλημα των όρων «αυτοκέφαλο» και ειδικά το «αυτόνομο» και ο τρόπος της ανακήρυξης αυτού, συνεχίζει να προβληματίζει. Σταδιακά κάθε ανεξάρτητο κράτος, θεωρεί την τοπική Εκκλησία κρατικό τιμάριο και δρομολογεί την χειραφέτησή της από το εκάστοτε πατριαρχείο. Θα πρέπει, όμως, να αναγνωρίσουμε, πως αυτό καλλιεργήθηκε, σταδιακά, από την βυζαντινή περίοδο. Τότε δόθηκαν σε Αρχιεπισκοπές δικαιώματα διασποράς (κυπριακή περίπτωση Νέας Ιουστινιανής, βλ. Κανών ΛΘ΄ της Πενθέκτης Οικουμενικής του 691/2), αφού αυτό συνδέθηκε με την πολιτική μεταβολή. Αντίστοιχα, με παράδειγμα την ρωμαϊκή περίπτωση απόδοσης εθναρχίας προς τον Ιουδαίο αρχιερέα, το βυζαντινό κράτος άρχισε να προσδίδει σε ιδρυθείσες Αρχιεπισκοπές ένα χαρακτήρα εθνικό. Η αρχή μάλλον ανιχνεύεται στην περίπτωση της Αχρίδος, η οποία παρά την πολιτική μεταβολή (επικράτηση επί των Βουλγάρων), χαρακτηρίσθηκε ως επισκοπή Βουλγαρίας (βλ. Σιγίλιο του 1020 στο H. Gelzer, «Gedruckte und wenig bekannte Bistümer Verzeichnisse der orientalischen Kirchen», στο Byzantinische Zeitschrift II (Leipsig: B. G. Teubner , 1893), 44). Ακολουθώντας τα παραπάνω, με την πράξη εκκλησιαστικής αυτονομίας του 1831, θεσπίστηκαν εθνικά προαπαιτούμενα ως προς τους Σέρβους αρχιερείς (υποχρεωτικά Σέρβοι και αυτόχθονες) ανοίγοντας τον ασκό της βουλγαρικής εξαρχίας από το 1844 και του αλβανικού εθνικισμού έως σήμερα.
Το θέμα της ανακήρυξης απασχόλησε, πρόσφατα, την Μεγάλη εν Κολυμβαρίω Κρήτης Σύνοδο. Πλέον απαιτείται τεκμηρίωση σοβαρών λόγων στην αίτησης αυτονόμησης, ωστόσο αφήνεται περιθώριο για δικαιώματα διασποράς (Επίσημο Έγγραφο της εν Κολυμβαρίω Κρήτης Συνόδου, Το Αυτόνομον και ο τρόπος ανακηρύξεως αὐτού, παρ. 2α). Ωστόσο δεν μπορεί να ιδρυθεί αυτόνομη Εκκλησία σε συνθήκες διασποράς, χωρίς την παρέμβαση του οικουμενικού πατριαρχείου και την πανορθόδοξη συναίνεση (ο.π., παρ. 2. β και 2 ε.). Σε περίπτωση διεκδίκησης μιας περιοχής από δύο Εκκλησίες, ισχύει το δικαίωμα του οικουμενικού πατριάρχη να δρομολογεί μια κανονική λύση (ο.π., παρ. 2. ζ.). Τέλος, δεν απαιτείται σε περίπτωση ιεροδικείας επί καθαιρέσεως αρχιερέως, η ομοφωνία του προκαθημένου της αυτοκέφαλης Εκκλησίας και του πολιτικού ηγέτη (όπως προβλέπονταν λ.χ. στην Πράξη προς την Σερβική Εκκλησία). Οι επίσκοποι, πλην του προκαθήμενου, πλέον θα εκλέγονται και θα κρίνονται εντός της αυτόνομης Εκκλησίας(ο.π., 3δ).
