Η Νάουσα, κατά την περίοδο πριν την Επανάσταση, υπήρξε ένα σημαντικό, οικονομικό, εμπορικό, διαμετακομιστικό και πολιτιστικό κέντρο. Ο Αλή Πασάς, είχε επιχειρήσει τρεις φορές , το 1795, το 1798 και το 1804 να την αποσπάσει χωρίς, να τα καταφέρει, χάρη στην σθεναρή αντίσταση των κατοίκων και τον πολυποίκιλο αγώνα, που κατέβαλε ο Ζαφειράκης (Λογοθέτης) Θεοδοσίου.
Στα τέλη του Ιανουαρίου του 1822, οι επαναστάτες συγκεντρώθηκαν στη Μονή Παναγίας Δοβρά, λίγο πιο έξω από τη Βέροια, με σκοπό να κυκλώσουν τη Νάουσα και να την κυριεύσουν. Στις 22 Φλεβάρη, οι επαναστάτες θα απελευθερώσουν τη Νάουσα, κηρύσσοντας την επανάσταση από την εκκλησία του Αγίου Δημητρίου. Λίγο αργότερα, θα αποφασίσουν να κινηθούν και κατά της Βέροιας, ωστόσο αυτή τους η προσπάθεια θα αποτύχει, αναγκάζοντάς τους να υποχωρήσουν ξανά περιμετρικά ή πίσω από τα τείχη της Νάουσας.
Ο Ζαφειράκης και ο Δημήτριος (Τσάμης) Καρατάσος αναδεικνύονται ως πολιτικός και στρατιωτικός αρχηγός αντίστοιχα. Οι δυο επαναστάτες, σε συνδυασμό με τον οπλαρχηγό της Έδεσσας Αγγελή Γάτσο, αποφασίζουν να κηρύξουν την επανάσταση, δίχως να αναμένουν υποστήριξη από τις υπόλοιπες εξεγερμένες περιοχές, ως ελάχιστη αντίδραση στην απόφαση του βαλή της Θεσσαλονίκης Μεχμέτ Εμίν πασά να πάρει ομήρους από επιφανείς οικογένειες. Οι Έλληνες της Νάουσας έχοντας ενισχύσεις και πολεμοφόδια που έφεραν ο Νικόλαος Κασομούλης και ο Γρηγόριος Σάλας, κλείστηκαν στην πόλη, λαμβάνοντας την απόφαση για αντίσταση μέχρις εσχάτων.
Τη νύχτα της 12ης προς την 13η Απριλίου 1822,μετά από πολιορκία είκοσι χιλιάδων Τούρκων, η πόλη της Νάουσας πέφτει. Οι σφαγές, οι δηώσεις, οι βιασμοί, οι εξανδραποδισμοί όλων ανεξαιρέτως, ανδρών και γυναικοπαίδων, είναι απερίγραπτες, όπως και τα βασανιστήρια τα οποία υπέστησαν. Πάνω από δύο χιλιάδες είναι οι δολοφονημένοι , οι περισσότεροι αποκεφαλισμένοι και πάνω από τρεις χιλιάδες είναι οι αιχμάλωτοι που πωλούνται στα σκλαβοπάζαρα. Μόνο ο Ζαφειράκης μαζί με πεντακόσιους άνδρες του παρέμεινε ταμπουρωμένος σε έναν πύργο, προσπαθώντας να κερδίσει χρόνο για τους υπόλοιπους, ώστε να διαφύγουν. Ο Ζαφειράκης θα αφήσει στον πύργο μόνο μια μικρή φρουρά και θα προσπαθήσει να διαφύγει και αυτός, ωστόσο θα πεθάνει μαχόμενος, κατευθυνόμενος στο ναό του Αγίου Νικολάου.Οι εναπομείναντες μαχητές σφάχτηκαν όλοι, μαζί με τις γυναίκες και τα παιδιά που είχαν μαζί τους. Οι βιαιότητες δεν σταμάτησαν όμως εδώ, αφού η πόλη κυριολεκτικά ισοπεδώθηκε. Σχολεία και εκκλησίες καταστράφηκαν ολοσχερώς, μαζί με αυτούς που κατέφυγαν για προστασία στο εσωτερικό τους, αναζητώντας άσυλο. Η εκκλησία του Αγίου Γεωργίου λεηλατήθηκε και ο πρωτοσύγκελος Γρηγόριος κατακρεουργήθηκε. Η περιγραφή του ιστορικού Διονύσιου Κόκκινου είναι χαρακτηριστική: «Το αίμα εχύνετο άφθονον. Αι θριαμβευτικαί ιαχαί και οι ύβρεις των Τούρκων, τα βογγητά των πληγωμένων και αι σπαρακτικαί κραυγαί των γυναικών αποτελούσαν τον σάλαγον (βουητό, θόρυβος) των τραγικών εκείνων ωρών. Εντός του ναού του Αγίου Γεωργίου εφονεύθη καταληφθείς εις στιγμάς της δεήσεως ο εκ Πέτρας του Ολύμπου Παπαγιάννης, μαζί με άλλους τέσσερας ιερείς».
Δεκατρείς γυναίκες με τα παιδιά τους θα παγιδευτούν στην περιοχή Στουμπάνοι και θα πέσουν στα παγωμένα νερά του ποταμού Αραπίτσα, προτιμώντας το θάνατο από το να ατιμαστούν. Οι γύρω κωμοπόλεις και χωριά θα καταστραφούν ολοσχερώς. Φρικτά βασανιστήρια περίμεναν τους επιζώντες της σφαγής: τους έδερναν με ρόπαλα και έπειτα τους έκοβαν το λαρύγγι, έβαζαν φωτιά στα παιδιά μπροστά στα μάτια των μητέρων τους, ενώ τα κομμένα κεφάλια των Ζαφειράκη και Καρατάσου θα προσφερθούν επί πινακίω στο Μεχμέτ Εμίν. Οι σύζυγοί τους θα εκτελεστούν απάνθρωπα: η πρώτη θα κλειστεί αρχικώς σε τσουβάλι με γάτες και ποντίκια και θα χτιστεί ζωντανή στο ναό της Αγίας Σοφίας στη Θεσσαλονίκη, ενώ η δεύτερη θα θανατωθεί σε τσουβάλι με φίδια.
Ελάχιστοι ήταν αυτοί που επιβίωσαν του Ολοκαυτώματος, καταφεύγοντας στη νότια Ελλάδα, με σκοπό να συνεχίσουν τον αγώνα τους κατά των Τούρκων. Το Ολοκαύτωμα της Νάουσας αναγνωρίστηκε με διάταγμα το 1955από το ελληνικό κράτος και την Ορθόδοξη Εκκλησία, προσδίδοντας στην πόλη τον χαρακτηρισμό «ηρωική» και ανακηρύσσοντας τους σφαγιασθέντες ως «άγιους μάρτυρες» αντίστοιχα.
Έσχατο, αλλά όχι τελευταίο, για τη θυσία των προγόνων μας
και για τη δική μας Ελευθερία: Ο Νικόλαος Κοκοβίτης μετά τον αποκεφαλισμό του πήρε την κεφαλή του ανά χείρας και άρχισε να περπατάει για πολλά μέτρα, με τον σοκαρισμένο αρχηγό των
σφαγέων να διατάσσει αμέσως την παύση του μαζικού εγκλήματος….
