Όταν οι Οθωμανοί επιδρομείς επεκράτησαν και η Πόλη έπεσε, οι Βλάχοι δεν υπετάγησαν. Από τις κλεισώρειες, που έως τότε φύλαγαν επί αιώνες, αποσύρθηκαν ένοπλοι με τις οικογένειές τους και τα κοπάδια τους στις υψηλότερες βουνοκορφές και συνοικίσθηκαν σε απρόσιτα χωριά. Γι’ αυτό όλα σχεδόν τα βλαχοχώρια βρίσκονται επάνω στα στρατηγικά περάσματα της εποχής. Προκειμένου να διαφυλάξει την ειρήνη και την παραγωγή στα εύφορα νέα τιμάριά του ο νικητής Σουλτάνος αναγνώρισε ευθύς αμέσως το υφιστάμενο προαιώνιο προνόμιό τους να φέρουν όπλα, να αυτοδιοικούνται και να πληρώνουν μειωμένους φόρους υπαγόμενοι απ’ ευθείας στην εκάστοτε Βασιλομήτορα Βαληντέ Σουλτάνα. Οι αητοφωλιές τους στα ψηλά βουνά κηρύχθηκαν άβατα βακούφια-ιερά κτήματα.
Εκεί ανέπτυξαν την κάθετη οικιακή αλλά μεγάλη βιοτεχνία που κατεργάζονταν σε πολύτιμα είδη μεγάλης ζήτησης τα πρωτογενή προϊόντα από τα κοπάδια τους- το γάλα, το μαλλί και το δέρμα. Τυριά, κασέρια, μανούρια, κάπες, σαγιάκια, στρατιωτικοί μανδύες και κατεργασμένα δέρματα μεταφέρονταν με τα βλάχικα καραβάνια στα μεγάλα παζάρια και, πολύ σύντομα, σε τεράστιες αποστάσεις.
Παράλληλα ανέπτυξαν με μεγάλη τέχνη την ασημουργία και την αγιογραφία. Ταυτόχρονα ανθούσε ακόμη η περιώνυμη Μοσχόπολη και πολλοί Βλάχοι, παλαιοί αξιωματούχοι της πατρώας Αυτοκρατορίας, ενεργούσαν στις κεντρικές πόλεις όπως η Θεσσαλονίκη, οι Σέρρες, το Μοναστήρι, τα Γιάννενα, η Λάρισα, τα Τρίκαλα κ.α. Συνδέθηκαν μεταξύ τους σε ένα τεράστιο εμπορικό δίκτυο εμπορίου και ευημερίας. Στα κοπάδια τους ανέτρεφαν τα άλογα και τα μουλάρια τα οποία αποτελούσαν τα καραβάνια τους. ΄Ηδη τον 6ο κιόλας αιώνα ο Θεοφάνης αναφέρει ότι χιλιάδες γερά άλογα και μουλάρια των Βλάχων αποτελούσαν τα μεταγωγικά του αυτοκρατορικού στρατεύματος. Σύντομα η Υψηλή Πύλη αναγκάσθηκε να τους επαναφέρει στο πατρογονικό τους πολεμικό επάγγελμα και τους όρισε, όπως παλαιά, να φυλάγουν τα περάσματα (κλεισούρες, ντερβένια) των μεγάλων δρόμων. ΄Ετσι τα βλάχικα καραβάνια ήσαν τα ασφαλέστερα.
Εκστρατεύοντας να αλώσει τη Βιέννη ο Σουλεϋμάν ο Μεγαλοπρεπής (1520-1566) θέλει να έχει τα νώτα του ασφαλή και τις γραμμές των επικοινωνιών του ελεύθερες. ΄Ετσι αναθέτει στους Βλάχους την αποστολή που ανέκαθεν εκτελούσαν στην Αυτοκρατορία: την φύλαξη των βασιλικών οδών, των κλεισωρειών και των αμάχων αγροτών. Με επίκεντρο τα βλαχοχώρια ιδρύει τα πρώτα δεκαπέντε αρματολίκια: Καστανιάς στο Βέρμιο, Σερβίων στα Χάσια, Γρεβενών στη βόρεια Πίνδο, Ασπροποτάμου, Μαλακασίου και Γαρδικίου-Λιδωρικίου στη νότια Πίνδο, Μηλιάς, Τεμπών και Ελασσόνος στον Όλυμπο, Ανασελίτσας, Αγράφων, Βάλτου και Ξηρομέρου στην Αιτωλο-Ακαρνανία, Πατρατζικίου στο Βελούχι και στις Θερμοπύλες, Μαυροβουνίου και Κάρλελι. Η προσωνυμία αρματολός είναι λατινόφωνη βλάχικη. Αrmatul στα βλάχικα σημαίνει ο οπλισμένος και armatuli οι οπλισμένοι.
Περιώνυμοι Βλάχοι αρματολοί αναδεικνύονται στη Μηλιά οι Λαζαίοι, στον νότιο Όλυμπο ο Πάνος Τσάρας και ο θρυλικός γιός του Νικοτσάρας, στα Τέμπη με έδρα τη Ραψάνη οι Τζαχειλαίοι, στον Τύρναβο ο Τζίμας, στα Σέρβια οι Μπιζιωταίοι, στα Γρεβενά ο Γιάννης Πρίφτη -στα βλάχικα ο γιός του παπά- και προ πάντων οι Ζιακαίοι, στον Ασπροπόταμο ο Νικόλαος Στορνάρης και ο Χριστόδουλος Χατζηπέτρος, στα ΄Αγραφα οι Μπουκουβαλαίοι με γενάρχη τον μυθικό Γερο-Δήμο του δημοτικού τραγουδιού, ο Γιαννάκης Ράγκος και αυτός ο αρχιστράτηγος του Ιερού Αγώνος Γεώργιος Καραϊσκάκης, στον Βάλτο οι Στράτοι και οι Σταθά, στο Καρπενήσι οι Βλαχόπουλοι κι ο Σιαδήμας, στη Βόνιτσα οι Γριβαίοι, οι Δράκοι και ο Τζιώγκας κ.α. Όταν δεν ήσαν συγγενείς, ήσαν σταυραδέρφια. Το γενεαλογικό δέντρο τους κατέγραψε στα Ενθυμήματα Στρατιωτικά ο βλαχόφωνος ιστορικός του Αγώνος Νικόλαος Κασομούλης. Με το Δημοτικό Τραγούδι του ο ελληνικός Λαός υμνεί επί αιώνες μέχρι σήμερα αντρειωμένους Βλάχους όπως ο Γερο-Δήμος, ο Νικοτσάρας, ο Γιάννης του Σταθά, ο παπα-Θύμιος Βλαχάβας κ.α.
Αυτοί οι αρματωμένοι Βλάχοι σηκώθηκαν πρώτοι όταν σήμανε η Εθνεγερσία την οποία προετοίμασε και ευαγγελίσθηκε ο Βλάχος μέγας εθναπόστολος και εθνομάρτυρας Ρήγας ο Βελεστινλής. Τον «Θούριο» και τα άλλα επαναστατικά έργα του τύπωσαν στη Βιέννη οι Σιατιστινοί Βλάχοι Μαρκίδαι Πούλιου που εξέδιδαν επίσης την πρώτη ελληνική εφημερίδα.
Ενωρίτερα Βλάχοι Μεγάλοι Διδάσκαλοι του Γένους συνέβαλαν αποφασιστικά στην αφύπνιση του Γένους, στη μεταλαμπάδευση του ευρωπαϊκού Διαφωτισμού και στη διαμόρφωση του Νεοτέρου Ελληνισμού. Διέλαμψαν στη Διασπορά όπου ανθούσε ο βλαχόφωνος ελληνισμός. Αναφέρονται ενδεικτικά οι εξής: Στη Πάδοβα ο Βεροιάνος Ιωάννης Κωττούνιος (Βέροια 1572-Πάδοβα 1657). Φέρει, μεταφρασμένο στα βλάχικα, το παλαιολόγειο επώνυμο Κυδώνης. Στη Βιέννη και στο Βουκουρέστι ο Νεόφυτος Δούκας (1760-1845). Στο Παρίσι ο Γρηγόριος Ζαλύκης. Στη Βιέννη ο Δημήτριος Δάρβαρις (1751-1823). Στην περιώνυμη Νέα Ακαδημία της Μοσχοπόλεως ο Αθανάσιος Καβαλλιώτης και ο Δανιήλ Μοσχοπολίτης. Στη Βενετία ο Ιωάννης Χαλκεύς και ο Νεκτάριος Τέρπος μεταξύ 1750- 1779. Στη Λειψία και στη Χάλλη της Γερμανίας ο Αμβρόσιος Παμπέρης 1768-1802. Στο Αμβούργο και στο Βουκουρέστι Δημήτριος Παμπέρης από το 1706. Στη Χάλλη και στο Μαγδεμβούργο της Γερμανίας ο Κωνσταντίνος Ζουπάν από το 1760. Στην Καστοριά ο Μητροπολίτης της Διονύσιος Μαντούκας (1648-1741). Τα έργα τους συγκροτούν μια τεράστια ελληνική Βιβλιοθήκη. Και συνέχισαν και συνεχίζουν έως σήμερα. Τον 19ο αιώνα μνημονεύονται ενδεικτικά οι κορυφαίοι καθηγητές της ελληνικής φιλολογίας Ιωάννης Πανταζίδης και Πέτρος Παπαγεωργίου από το Κρούσοβο και οι μεγάλοι διδάσκαλοι Αναστάσιος Πηχεών και Μαργαρίτης Δήμιτσας από την Αχρίδα.
Στο Αγιολόγιον του Σωφρονίου Ευστρατιάδου μνημονεύονται έξη Βλάχοι Άγιοι και Νεομάρτυρες. Βλάχοι ήσαν Οικουμενικοί Πατριάρχες Ματθαίος Β΄ και ο μέγας Ιωακείμ Γ΄ ο Μεγαλοπρεπής και ο Πατριάρχης Αλεξανδρείας Ιερόθεος.
Η ώρα των βλαχοφώνων Μεγάλων Εθνικών Ευεργετών εσήμανε αμέσως μόλις ιδρύθηκε το πρώτο ελεύθερο Κράτος των Ελλήνων στο οποίο το 1830 ο Γεώργιος Σ. Σίνας, γενάρχης των ομωνύμων Μεγάλων Εθνικών Ευεργετών από τη Μοσχόπολη, απέστειλε την πλουσιοπάροχη βοήθεια των Βλάχων της Βιέννης για τα ορφανά του Αγώνα. Είναι η πρώτη συνεισφορά Ελλήνων στο νέο Κράτος. Και στις 16 Μαΐου 1830 ο Κυβερνήτης Ιωάννης Καποδίστριας έγραφε στον Σίνα: «Εδέχθημεν μετά πολλής ευγνωμοσύνης την ποσότητα των 2.007/100 διστήλων τα οποία μετά των εν Βιέννη συμπολιτών σας Γραικο-Βλάχων προσεφέρετε δωρεάν (..) Είθε το ιδικόν σας παράδειγμα να εγείρη και άλλους ομογενείς (..) Εκφράζομεν προς σε, Κύριε, και προς τους συμπολίτας σου Γραικο-Βλάχους πολλήν ευγνωμοσύνην εκ μέρους των ορφανών και, παρ’ημών, την εξαίρετον υπόληψιν. Ο Κυβερνήτης Ι.Α.Καποδίστριας»
Οι Βλάχοι χρυσώνουν το νεαρό Κράτος και την πρωτεύουσά του Αθήνα ως εξής:
Οι Γεώργιος Αβέρωφ, Μιχαήλ Τοσίτσας και Νικόλαος Στουρνάρας ανεγείρουν το Εθνικό Μετσόβειο Πολυτεχνείο και ενισχύουν το Εθνικό Πανεπιστήμιο. Η χήρα του Μιχαήλ Τοσίτσα δωρίζει το οικόπεδο όπου ανεγείρεται το Αρχαιολογικό Μουσείο.
Ο βαρώνος Σίμων Σίνας και ο γιός του Γεώργιος ανεγείρουν την Ακαδημία Αθηνών, τον Μητροπολιτικό Ναό και το Εθνικό Αστεροσκοπείο στην Αθήνα. Επίσης τον Μητροπολιτικό Ναό στην Σύρο. Ο Γεώργιος Αβέρωφ χαρίζει την Σχολή των Ευελπίδων, την Σχολή Ναυτικών Δοκίμων, το Καλλιμάρμαρο Παναθηναϊκό Στάδιο, το Εφηβείον, μετέπειτα φυλακές Αβέρωφ, το ένδοξο θωρηκτό «Αβέρωφ» και τις Γεωργικές Σχολές στη Λάρισα και στην Εύβοια. Οι εξάδελφοι Ευαγγέλης και Κωνσταντίνος Ζάππας χαρίζουν τα Ζάππεια Παρθεναγωγεία στην Κωνσταντινούπολη στην Αδριανούπολη και στην Αθήνα στην οποία δωρίζουν επίσης το Ζάππειο Παρθεναγωγείο, το Ζάππειο Μέγαρο και τον Κήπο του Ζαππείου. Ο Απόστολος Αρσάκης ιδρύει τα Αρσάκεια Σχολεία και ο Μιχαήλ Τοσίτσας τα Τοσίτσεια Σχολεία. Ο βαρώνος Κωνσταντίνος Μπέλλιος χαρίζει την βιβλιοθήκη του στην Εθνική Βιβλιοθήκη και το Δημοτικό Νοσοκομείο «Η Ελπίς» στον Δήμο Αθηναίων και χρηματοδοτεί την ίδρυση της Αρχαιολογικής Εταιρείας. Στην Αταλάντη χτίζει τον οικισμό Νέα Πέλλα όπου στεγάζονται όσοι Μακεδόνες.
Οι Βλάχοι ευεργέτες με συνεισφορές ιδρύουν το Οφθαλμιατρείο και κοσμούν το Πανεπιστήμιό της με τη ζωφόρο του και με τους ανδριάντες των προπυλαίων του. Ο Ιωάννης Μπάγκας χαρίζει το ξενοδοχείο του «Μέγας Αλέξανδρος» στην πλατεία Ομονοίας και, με τις προσόδους του, το Μπάγκειον ΄Ιδρυμα χρηματοδοτεί σχολεία και μοιράζει βιβλία στις υπόδουλες ακόμη ελληνικές χώρες. Ο Χρηστάκης Ζωγράφος, βαθύπλουτος τραπεζίτης στην Πόλη, ιδρύει τα Ζωγράφεια Σχολεία, αγαθοεργά ιδρύματα και βιβλιοθήκη. Οι αδελφοί Λάμπρου καταθέτουν τον πυρήνα συλλογής του Εθνικού Νομισματικού Μουσείου, ιδρύουν τον Φιλολογικό Σύλλογο Παρνασσός και συνιδρύουν την εν Αθήναις Αρχαιολογική Εταιρεία. Ο Γεώργιος Σταύρου ιδρύει την Εθνική Τράπεζα της Ελλάδος. Ανάλογες ευεργεσίες αφιερώνουν οι ίδιοι κι άλλοι επιφανείς Βλάχοι σ’ όλον τον ελληνικό χώρο, στην Κωνσταντινούπολη, στην Αίγυπτο και στη Διασπορά.
Από τον 16ο αιώνα μέχρι τα τέλη 19ου αυτός ο τόσο ολιγάριθμος λατινόφωνος ελληνικός πληθυσμός εγκατέστησε σταδιακά έθεσε υπό τον έλεγχό του και τροφοδότησε ένα απέραντο δίκτυο οικονομίας από την Οδησσό μέχρι τη Βιέννη και τη Λειψία κι από τον Δούναβη μέχρι τον Νείλο. Είναι απίστευτο αλλά αληθινό ότι έγινε τόσο ισχυρός, απέκτησε τόσο πλούτο, κυριάρχησε σε τόσο απέραντο χώρο τριών τουλάχιστον Αυτοκρατοριών, καλλιέργησε σε τέτοιο υψηλό βαθμό την ελληνική παιδεία, προετοίμασε την Εθνεγερσία και χρύσωσε την Πατρίδα.
Οι Βλάχοι ακολουθούσαν μέχρι το Δυρράχιο την αρχαία Εγνατία Οδό και την παρήλλαξαν βορειότερα ώστε να καταλήγει στην αυτόνομη λατινόφωνη Δημοκρατία της Ραγούζας, το μοναδικό ελεύθερο λιμάνι της Ανατολής προς τη Βενετία που στα Αρχεία της αναφέρονται δεκάδες εμπορικοί οίκοι Βλάχων.
Στον κόμβο της παραλλαγής αυτής ανέπτυξαν, κοντά στην Κορυτσά, την ονομαστή Μοσχόπολη με πληθυσμό 60.000 έως, κατ’ άλλους, 80.000 κατοίκων. Μέχρι το 1768 ήταν το μεγαλύτερο στα Βαλκάνια κέντρο της ελληνικής παιδείας και οικονομίας. Καλλιέργησε τα Ελληνικά Γράμματα, ίδρυσε την Νέα Ακαδημία και εγκατέστησε το πρώτο ελληνικό τυπογραφείο μετά το Πατριαρχείο. Ανέπτυξε την οικονομία της και σε διεθνή κλίμακα το εμπόριο με κάθετη οργάνωση. Διατηρούσε εκατοντάδες χιλιάδες γιδοπρόβατα, προηγμένη βιοτεχνία, εμπορικό στόλο, καραβάνια και στενή συνεργασία με τα άλλα παραγωγικά βλαχοχώρια του ελληνικού χώρου. Την οδική ασφάλεια παρείχαν σε όλη τη διαδρομή οι Βλάχοι αρματολοί. ΄Ετσι σώρευε προστιθεμένη αξία και εξήγε τα έτοιμα προϊόντα της βλαχουργιάς στην Ευρώπη με την οποίαν, επί πλέον, ασκούσε, ως διαμεσολαβητής, το εμπόριο της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας από και προς τη Δύση-Ανατολή. Ο Βλάχος επιφανής ερευνητής Κωνσταντίνος Μέρτζιος δημοσίευσε το 1947 τα έως τότε άγνωστα Αρχεία της Βενετίας όπου καταγράφονται λεπτομερέστατα οι εμπορικές συναλλαγές της Μοσχόπολης με την Γαληνοτάτη Δημοκρατία.
Ο Τηλέμαχος Κατσουγιάννης γράφει: «Η Μοσχόπολις, συγκεντρώσασα εις τους κόλπους της τα ζωτικώτερα στοιχεία των άλλων κοινοτήτων, ηύξησε τον πληθυσμόν της ανελθόντα εις πρωτοφανές δια τους χρόνους εκείνους ύψος (12.000 σπίτια, κατ’ άλλους 18.000) και επωφελήθη ασφαλώς από την προηγηθείσαν εμπορικήν εμπειρίαν αυτών. Εκτός της προνομιακής εκ μέρους του κατακτητού μεταχειρίσεως, έτυχε πεφωτισμένης ιθυνούσης τάξεως και χρηστής αυτονόμου διοικήσεως. Δια της θαυμαστής εσωτερικής οργανώσεώς της εις την διοίκησιν, την οικονομικήν διαχείρισιν, την οργάνωσιν των συντεχνιών, την βιομηχανίαν και πάσαν εκδήλωσιν της κοινότητος, απέβη το μεγαλύτερον εμπορικόν κέντρον της χερσονήσου του Αίμου, ως προς το εσωτερικόν εμπόριον, ιδρύσασα εμπορικούς οίκους, καθ’ όλην την έκτασιν της οθωμανικής επικρατείας. Θαυμαστή επίσης υπήρξεν η επιτυχία της εις το εισαγωγικόν και το εξαγωγικόν μεγαλεμπόριον. Αξιοσημείωτον είναι ότι εις τον τομέα των εμπορικών σχέσεων μετά του εξωτερικού η Μοσχόπολις προηγήθη κατά ήμισυ τουλάχιστον αιώνα των εν Θεσσαλονίκη εγκατασταθέντων ξένων εμπορικών πρακτορείων, ήτοι του της Γαλλίας, χρονολογουμένου από το 1694, και του της Αγγλίας το 1718 (…) Η επέκτασις της δραστηριότητος των Μοσχοπολιτών προς την Βενετίαν και τας άλλας ιταλικάς πόλεις και, εν συνεχεία, κατά τας αρχάς του 18ου αιώνος, κυρίως προς τας αυστροουγγαρικάς χώρας υπήρξαν τα ουσιωδέστερα αίτια εκ των οποίων απέρρευσεν η ολοκλήρωσις της αρτίας εμπορικής εμπειρίας και δράσεως αυτών εις ευρωπαϊκήν κλίμακα. Αλλά και εκ του συγχρωτισμού αυτών με κόσμον ανωτέρας κοινωνικής στάθμης πολλαχώς επωφελήθησαν οι Μοσχοπολίται από μορφωτικής πλευράς. Εμονοπώλησαν εν ταυτώ άπαν το εμπόριον των χωρών του Αυστριακού Στέμματος με το Οθωμανικόν Κράτος. Δια της τοιαύτης ανόδου κατώρθωσαν να επισωρεύσουν αμύθητα πλούτη, τα οποία μετέφεραν εις την γενέτειραν μαζί με την αποκτηθείσαν εκπολιτιστικήν αγωγήν και συνετέλεσαν εις την θαυμασίαν ημέρωσιν των ηθών, δια την οποίαν πάντοτε διεκρίνοντο. Με τοιαύτην οικονομικήν δύναμιν ανύψωσαν το επίπεδον της ευζωΐας των κατοίκων, εθεράπευσαν την παιδείαν εντός του πλαισίου του ελληνοχριστιανικού πολιτισμού, ίδρυσαν σχολεία και μεγαλοπρεπείς εκκλησίας, αγαθοεργά καθιδρύματα και απέβησαν εστία του αγνοτάτου πατριωτισμού και της Μεγάλης Ιδέας, του ονείρου δηλαδή της αποκαταστάσεως του Γένους.
»Κατά την περίοδον των τεσσάρων πρώτων αιώνων της τουρκοκρατίας αι μικροαστικαί κοινότητες εδημιούργησαν συν τω χρόνω μίαν οικονομικήν σταθερότητα, η οποία ολοέν ανερχομένη έφθασεν κατά τον 18ον αιώνα εις μίαν αξιοθαύμαστον ακμήν δι’ ένα λαόν τόσον ολιγάριθμον, κινούμενον εντός τόσον ευρέος γεωγραφικού χώρου, η δε επακολουθήσασα στάθμη ευημερίας και μορφωτικής αναπτύξεως εδραίωσε μίαν σαφή αστικήν τάξιν, συγκεκροτημένην με όλα τα στοιχεία τα οποία απητούντο δια την συνέχισιν της συμβολής των εις την διαμόρφωσιν του νέου Ελληνισμού».
Βλάχοι, προερχόμενοι αποκλειστικά από τον ελληνικό χώρο, επισημαίνονται από τον 17ο αιώνα κιόλας στα Βαλκάνια και στην Αυτοκρατορία των Αψβούργων στην οποία ανήκαν και πολλές βαλκανικές περιφέρειες όπως η Κροατία, η Σλοβενία, η βόρεια Σερβία, η Τρανσυλβανία. Σ’ αυτές -και προς αυτές- τις περιοχές οι Βλάχοι από τον 17ο αιώνα ήδη ασκούσαν επικερδές εμπόριο, επιστήμες και τέχνες. Διατηρούσαν τα πλείστα χάνια κατά μήκος των βασιλικών οδών από την Κωνσταντινούπολη έως τη Βιέννη. Διακρίνονταν στους πολέμους και στις επαναστάσεις όλων των συνοίκων τους Λαών. ΄Εστρωναν δρόμους, έχτιζαν περίτεχνα γεφύρια, ανέπλαθαν τις πόλεις.
Ο Μοσχοπολιάνος Μητροπολίτης Ιωακείμ Μαρτιανός δημοσίευσε το 1957 από τα Ενετικά Αρχεία με πλήρη στοιχεία (ονοματεπώνυμα, πόλη και οδός κατοικίας, τόπος καταγωγής, επάγγελμα), πολλές δεκάδες Βλάχους που εμπορεύονταν στη Βενετία τον 16ο και ιδίως 17ο και 18ο αιώνα πριν εγκαταλειφθεί η Μοσχόπολη. Κατάγονταν από τη Μοσχόπολη, τη Σίπισχα, τη Νικολίτσα, τη Καβάγια, τη Λάγγα, την Αχρίδα, τη Μηλόβιστα, τη Σιάτιστα, την Κοζάνη και τους Καλαρρύτες.
΄Εγραψαν ένα έπος του Ελληνισμού, άγνωστο κατά κανόνα στη σημερινή Ελλάδα.
Ν.Ι.Μέρτζος