Ο T. Gordon υπήρξε μία από τις εγκυρότερες πηγές για την Επανάσταση του 1821 καθώς μετείχε σε αυτήν, γνώριζε καλά τα στρατιωτικά πράγματα και διέσωσε πληροφορίες σπάνιες. Σε μια τέτοιο επέτειο λοιπόν, αποφασίσαμε να καταθέσουμε συνοπτικά την μαρτυρία του για την Κρήτη, μία περιοχή αφετηρία σε πολλά πράγματα για τον ελληνικό πολιτισμό και την ιστορία. Αρχικά παρατήρησε πως ελάχιστες ήταν οι διαφορές φυσιογνωμικά μεταξύ χριστιανών και μουσουλμάνων, ένδειξη η οποία προδίδει την προέλευση των Κρητικών μουσουλμάνων από εξισλαμισμούς. Τόνισε παράλληλα το ύψος των Κρητικών, ως ανώτερο από τους υπόλοιπους Έλληνες της εποχής, αλλά και την συμπεριφορά των Τούρκων προς τους εκεί «Ραγιάδες» ως χείριστη. Σε αντίθεση με τις απόψεις διαφόρων ιστορικών περί παιδείας στα χρόνια της οθωμανικής κατοχής, ο Gordon αναφέρει τόσο την ύπαρξη κρυπτοχριστιανών ήδη από το 1680, όσο και το ανύπαρκτο των δυνατοτήτων για τους Ραγιάδες. Πολλοί εξ αυτών, με την έναρξη της Επανάστασης δήλωσαν ορθόδοξοι, αποτάσσοντας το Ισλάμ. Επιπλέον το εμπόριο ανήκε σε ξένους, προφανώς κατάλοιπο της πάλαι ποτέ ενετικής κυριαρχίας, εμπορικής ήδη από την βυζαντινή περίοδο. Τα Σφακιά χαρακτηρίζονταν από την ελληνικότητα, την μερική αυτονομία και την πολεμική αρετή. Το Ηράκλειο ως Κάντια (Χάνδακας), είχε τότε 12 με 15.000, ενώ αναφέρονται και άλλες πόλεις ή κεφαλοχώρια: Χανιά, Ρέθυμνο, Σούδα, Σέλινος, Κίσσαμος, Μεσαρά κ.ά. Οι Κρήτες ήταν τότε καλοί σκοπευτές αλλά τακτικά περιορίζονταν στο ταμπούρι.
Με την έναρξη της Επανάστασης, πολλά πλοία ελληνικά, ουσιαστικά ήλεγχαν την όλη κρητική ακτογραμμή. Οι Τούρκοι απαίτησαν από τους Σφακιανούς αφοπλισμό, αλλά εις μάτην. Εχθροπραξίες είχαμε μετά το τότε Μπαϊράμι, με τους Σφακιανούς να συμπαρατάσσονται στα πεδινά με τους άλλους Κρήτες. Έτσι στις 2 Ιουλίου έγινε μάχη στον Λούλο κοντά στα Χανιά και οι Τούρκοι ηττηθήκαν με 37 νεκρούς. Ένα άλλο σώμα υπό τους αδελφούς Κουρμούλη, νίκησαν στον Άγιο Βασίλειο 200 Τούρκους από το Ρέθυμνο. Ο ναυτικός αποκλεισμός και οι ήττες οδήγησαν τους Τούρκους σε άθλιες σφαγές αμάχων ως αντίποινα: 400 σφαγιασμένοι στα Χανιά, 150 στο Ρέθυμνο, 300 στην επαρχία της Σητείας. Ενώ μαρτύρησαν όλοι οι επίσκοποι της Κρήτης, όπως ο μητροπολίτης Γεράσιμος, ο Μελχισεδέκ Κισάμου και ο Ιωακείμ Πέτρας. Εξάλλου τότε σε όλη την Οθωμανική Επικράτεια μαρτύρησαν επίσκοποι τότε και πολλοί άλλοι κληρικοί. Μεταξύ Ιουλίου και Αυγούστου του 1821, πραγματοποιήθηκαν μικρές μάχες με νικητές κατά κανόνα τους Έλληνες. Ειδικότερα τον Ιούλιο έλαβε χώρα η μάχη της Ασκύφου παρά το Ρέθυμνο με μεγάλη συμβολή των Σφακιανών, αλλά στις 30 Αυγούστου οι Τούρκοι κατέλαβαν τον Θερισό. Κατά τον Σεπτέμβριο του 1821, σώμα 10.000 Γενιτσάρων, εισήλθε στα Σφακιά και τα γύρω χωριά προβαίνοντας σε λεηλασίες, ενώ οι κάτοικοι είτε προσέφυγαν σε δύσβατα μέρη, είτε διέφυγαν με καΐκια.
Πιθανόν στις 17 Σεπτεμβρίου, οι Σφακιανοί πολιόρκησαν τα Χανιά και απέκοψαν το νερό από την πόλη. Ζητήθηκε παράλληλα συνδρομή από τον Μοριά καθώς και ηγέτης να αναλάβει, λαμβάνοντας λίγο μπαρούτι που πλέον σπάνιζε στο νησί και εκ Μόσχας Μιχαήλ Κομνηνό Αφεντούλη, ο οποίος δημοσίευσε επαναστατική προκήρυξη στις 15 Νοεμβρίου του 1821. Εσωτερικά υπήρχε διαμάχη των Κρητών με τους Σφακιανούς, οι οποίοι ήταν πρώτοι στην πολεμική αρετή, αλλά και στο πλιάτσικο περιουσιών άλλων Κρητών.
Μεταξύ Δεκεμβρίου του 1821 και Φεβρουαρίου του 1822 έφτασαν υλικές ενισχύσεις στο Λουτρό, προερχόμενες από Μάλτα, Τεργέστη και Λιβόρνο. Την ίδια περίοδο, ενσωματώθηκαν και περίπου 500 Κρήτες, οι οποίοι έως τότε πολεμούσαν εκτός της μεγαλονήσου. Στις 5 Ιανουαρίου έγιναν μάχες μπροστά στα τείχη Χανιών και Ρεθύμνου. Ειδικά στα Χανιά οι Τούρκοι είχαν τριάντα πέντε απώλειες και σε αντίποινα εκτέλεσαν είκοσι πέντε χριστιανούς αγρότες που μετέφεραν λάδια σε αγάδες των δύο πόλεων. Στις 13 Φεβρουαρίου ο Αφεντούλης κήρυξε σε κατάσταση πολιορκίας τα λιμάνια και τις ακτές της Κρήτης. Με τα Χανιά σε αποκλεισμό έως τον Μάρτιο, ήδη στις 17 Φεβρουαρίου ο Πασάς απέτυχε να πάει από τα Χανιά προς το Ρέθυμνο. Στην Δυτική Κρήτη οι Παπαδάκης και Καπετάν Σήφης ηγούνταν σωμάτων με συνολική δύναμη περί τις 2400 άνδρες και ήταν αυτοί που είχαν αποκλείσει τα Χανιά, ελέγχοντας τα δερβένια σε Σέλινο, Κίσαμο, και Σούδα.
Αντίστοιχα στην Κεντρική Κρήτη τα ορεινά περάσματα ήλεγχαν οκτώ καπεταναίοι Σφακιανοί με πρώτο τον Ρούσσο Βουρδούμπα, με δύναμη περί τους 3000 άνδρες. Στην Ανατολική Κρήτη υπήρχε στους πρόποδες της Ίδης ο Αντώνης Μελιδόνης με ένα σώμα 200 ανδρών. Η τουρκική στρατιωτική δύναμη υπολογίζονταν σε 18.000 με 26.000 άνδρες, διασκορπισμένοι σε είκοσι επτά φρούρια και τρεις οχυρωμένες πόλεις, ενώ οι Έλληνες κάπου 6.000 με επίκεντρο το Λουτρό και τα ορεινά.
Στις 10 Μαρτίου ο Αφεντούλης μετέφερε την έδρα του από το Λουτρό στη Μονή Πρεβέλης, ενώ την επομένη οι κάτοικοι των Χανίων που από πληθυσμό 6- 7000 είχαν διπλασιαστεί από τους πρόσφυγες εξεγέρθηκαν και έτσι ανάγκασαν τον Πασά, αφού απέκλεισαν την κατοικία του, να μοιράσει χρήματα στους στασιαστές. Αντίθετα στην περιοχή του Ηρακλείου οι Τούρκοι υπερτερούσαν κινήθηκαν επιθετικά και περιόρισαν τον Μελιδόνη σε εκκένωση οχυρών και σύμπτυξη στην περιοχή του χωριού Φουρφουράς.
Εκείνο τον Μάρτιο αναπτύχθηκε καχυποψία ως προς την Αφεντούλη ειδικά από τους Σφακιανούς που δεν επιθυμούσαν να έχουν λόγο επί της λείας τους με τον ίδιο να αλλάζει την έδρα του από την Ρούστικα παρά τα όρη των Σφακίων στη Σαμαρόπολη. Την ίδια περίοδο χαλάρωσε στο ελάχιστο η πολιορκία του Ρεθύμνου, με σκοπό να μετακινηθούν δυνάμεις προς ενίσχυση του Μελιδόνη στη Φουρφουρά. Τα σώματα αυτά αρχικά κέρδισαν μάχη στο Αποσέτι στις 24 Μαρτίου αλλά δεν μπόρεσαν να ολοκληρώσουν την επομένη το σχέδιο περικύκλωσης των Τουρκικών δυνάμεων στη Φουρφουρά.
Ο Μελιδόνης τις ημέρες εκείνες αιφνιδίασε στο χωριό Αμπαδιά εφοδιοπομπή από το Ηράκλειο. Οι Τούρκοι είχαν πολλές απώλειες και οι Έλληνες μεγάλη λεία ειδικά σε άλογα και κοπάδια. Οι Σφακιανοί παρά την αρετή τους, φαίνεται πως έδιναν προτεραιότητα στην δική τους επικράτηση. Κάλεσαν τον Μελιδόνη σε επίσημο δείπνο και εκεί δυστυχώς ο Ρούσσος τον δολοφόνησε με στιλέτο. Ο διοικητής Αφεντούλης φοβούμενος, αρκέσθηκε να εκδώσει ημερήσια διαταγή με την οποία υποχρέωνε τον δολοφόνο να επιστρέψει στα Σφακιά. Όμως πολλά σώματα και ειδικά οι του Μελιδόνη, γνωστοποίησαν πως πλέον αρνούνταν να πολεμούν με Σφακιανούς. Αντίστοιχα οι του Ρούσσου αποσύρθηκαν από το μέτωπο ως συμπαράσταση. Έπειτα από αυτό το ρήγμα, αποκαταστάθηκε η επικοινωνία μεταξύ Χανίων και Ρεθύμνου. Ο Αφεντούλης αποχώρησε από τη Σαμαρόπολη και εγκαταστάθηκε στον Άγιο Γεώργιο των Χανίων.
Στις 2 Απριλίου αποβιβάσθηκε στο Λουτρό ο συνταγματάρχης Βαλέστ με ένα αριθμό αξιωματικών και 300 Σαμιώτες. Συναντήθηκε με τον Αφεντούλη ο οποίος πλέον είχε νέα έδρα τα Άρμενα κοντά στη Σούδα και στις 7 Απριλίου ανέλαβε διοικητής των σωμάτων του Ρεθύμνου. Στις 11 Απριλίου και με δύναμη 1200 ανδρών κατέλαβε το Κάστελο κοντά στο Ρέθυμνο. Πλησίαζε όμως το Πάσχα και πολλοί άνδρες είχαν στο μυαλό τους την γιορτή και το σπίτι. Ο στρατός σε πολλά σημεία παρουσίαζε σημάδια διάλυσης. Παράλληλα, οι Σφακιανοί συνέχισαν να προβληματίζουν. Ελέγχοντας τις αποθήκες στο Λουτρό, και όντας αρνητικά διακείμενοι προς τον Αφεντούλη, εφοδίαζαν κανονικά με ψωμί και πυρίτιδα τους Σφακιανούς αλλά όχι τους λοιπούς.
Στις 20 Απριλίου οι Τούρκοι κατέρχονται στην πεδιάδα του Καστέλου, αλλά αποκρούονται έχοντας τουλάχιστον είκοσι νεκρούς. Στις 24 Απριλίου, πολλά πλοία της Κάσου διήλθαν από Σούδα και κατέπλευσαν στον Άγιο Θεόδωρο. Στις 26 Απριλίου ο συνταγματάρχης Βάλεστ ανακοίνωσε στο Καστέλο το σχέδιο επίθεσής του αλλά συνειδητοποίησε πως πλην των Σφακιανών, οι λοιποί διέθεταν περί τα έξι βόλια ο καθείς! Την ίδια ή την επόμενη ημέρα επέδραμαν οι Τούρκοι και αποκρούσθηκαν μεν, αλλά παρουσιάστηκε εγκατάλειψη των θέσεων από πολλούς Κρήτες, προφανώς από σχέδιο των Σφακιανών για αποτυχία του Βάλεστ και κατά επέκταση του Αφεντούλη. Ο Βάλεστ συνελήφθη και τον εκτέλεσαν με αποκοπή της κεφαλής και του αριστερού βραχίονα. Ήταν μόλις 32 ετών και ετάφη στα Ρούστικα.
Οι Μουσουλμάνοι επέδραμαν στα πεδινά του Ηρακλείου και του Ρεθύμνου καταστρέφοντας στο διάβα τους τα χωριά. Ωστόσο δεν επιχείρησαν στα πιο ορεινά. Ωστόσο έξω από τα Χανιά, οι Έλληνες ακόμα κρατούσαν γερά. Με την βοήθεια που έλαβαν από τα κασιώτικα πλοία κατέλαβαν τον Γαλατά και οργανώθηκαν στον Πύργο Πλατανιά. Στις αρχές πλέον του Μαΐου, οι περιπολούσες ναυτικές μονάδες συνέλαβαν πλοία ουδέτερων χωρών με αποτέλεσμα να προκληθούν διπλωματικά και όχι μόνο επεισόδια με τους Άγγλους και τους Γάλλους. Μάλιστα Γαλλική φρεγάτα συνέλαβε εύδρομο της Κάσου το οποίο οδήγησε και βύθισε στην Μήλο.
Την ίδια περίοδο η προσωρινή Κυβέρνηση του Μοριά έστειλε τον Ομηρίδη Σκυλίτση να ενημερωθεί για την κατάσταση και να επιχειρήσει μια ενοποίηση των δυνάμεων. Αυτό αποτελούσε ουσιαστικά παρέμβαση στο έργο του Αφεντούλη, ο οποίος ούτως ή άλλως ήθελε να πετύχει μια τοπική αυτονομία για το νησί υπό Ρωσική κηδεμονία. Έλαβε τότε χώρα συνάντηση των προεστών στους Αρμένους. Ο Ομηρίδης κατάφερε να περάσει θέσεις τους και ειδικά τον διορισμό υπουργών ανά τομείς. Η εξέλιξη αυτή έφερε ουσιαστικά σε πολύ δύσκολη θέση τον Αφεντούλη, ο οποίος απείλησε να αποχωρήσει επικαλούμενος την επιδρομή του Ρούσσου στην Μεσαρά και την επιδρομή στην περιφέρεια του Μυλοποτάμου. Εκεί Έλληνες αφού λεηλάτησαν και σκότωσαν, υποχρέωσαν τον μπεηλερμπέη να υποχωρήσει στο πασαλίκι του.
Η αποχώρηση του Αφεντούλη με Μαλτέζικο πλοίο επιχειρήθηκε στις 9-10 Ιουλίου, αλλά ματαιώθηκε λόγω καταιγίδας. Στις 11 αναβλήθηκε και πάλι, καθώς εμφανίσθηκε ισχυρή μοίρα του Αιγυπτιακού Στόλου, σταλμένη εξ Αλεξανδρείας στις 28 Μαΐου από τον αντιβασιλέα Μεχμέτ Αλή προς τον Σουλτάνο. Αποτελούνταν από 106 ιστιοφόρα, ενώ μετέφερε 5000 στρατό, πυροβολικό, 700-800 ιππείς και 2000 Αλβανούς. Γρήγορα έγινε η αποβίβαση στη Σούδα και αφού έγινε η ανασύνταξη ο στρατός βάδισε προς την ενδοχώρα. Αρχικά απωθήθηκαν στη Σούδα από τον Σήφακα Κωνσταντουδάκη και τα σώματά του συνολικής δύναμης 1200 ανδρών. Οι Ελληνικές δυνάμεις αποσύρθηκαν από τον κάμπο και οχυρώθηκαν στη θέση Μαλάξα στα Λευκά Όρη. Οι Έλληνες αντιστάθηκαν επαρκώς, και ανάγκασαν αρχές Ιουλίου τον Χασάν Πασά να τάξει 2500 πιάστρα σε όσους σκαρφαλώσουν το βουνό και φτάσουν στις θέσεις των επαναστατών. Έτσι έγινε νυχτερινή επιδρομή στη Μαλάξα και πέτυχαν μια περιορισμένη απώθηση των Ελλήνων. Τον ίδιο μήνα Ιούλιο, σώμα 2000 επαναστατών απείλησε το Ηράκλειο. Απέκρουσαν τις Τουρκικές επιθέσεις και σε μια υποχώρηση τους, κυνήγησαν την οπισθοφυλακή τους, ιδίως ένα Αλβανικό Σώμα που το περιόρισαν σε μια Μονή, την οποία έκαψαν μαζί με αυτούς. Παράλληλα περί τα σαράντα δύο πλοία απέπλευσαν προς ενίσχυση του Καπουδάν Πασά. Αυτό μείωσε τις δυνάμεις τους και επηρέασε την στρατιωτική ικανότητα των κατακτητών. Τον ίδιο καιρό, αρμάδα της Αλεξανδρείας υπό τον Καπετάνα Μπέη, αποβίβασε στρατεύματα στην Κρήτη, αφού κυρίευσε ελληνικά πλοία, των οποίων εκτέλεσε τους κυβερνήτες και οδήγησε σε κάτεργα τους επιζώντες. Παράλληλα τότε ξέσπασε πανώλη, η οποία έπληξε τους Μουσουλμάνους. Ο Ομηρίδης εν τέλει έφυγε ενώ για κάποιους μήνες και επανήλθε στην εξουσία ο Αφεντούλης. Οι Τούρκοι όριζαν πλέον τα πεδινά και τις πόλεις, ενώ οι Έλληνες για τα ορεινά. Αυτός ήταν ένας λαμπρός αγώνας, που όμως άργησε να δικαιωθεί, καθώς στο νέο ελληνικό κράτος το 1830 δεν περιλαμβάνονταν η Κρήτη.
